Bối cảnh của Coppelion xảy ra vào năm 2016, khi một cuộc khủng hoảng của một nhà máy điện hạt nhân tạo ra một thảm họa lớn ở Tokyo. 20 năm sau, thành phố đã trở thành một thị trấn ma do mức độ cao của bức xạ. Từ khu vực đó một tín hiệu cấp cứu nhận được. Các lực lượng Tự Quốc phòng gửi 3 cô gái từ các đơn vị Coppelion đặc biệt để tìm người sống sót. Nhưng tại sao họ lại không mặc bất kỳ thiết bị bảo vệ chống phóng xạ nào?